大きな相違点があるのは初期だけ
アニメでのカット・改変は初期（50話以前）だけで、それ以降は原作に忠実に作られていますのでその辺の心配はあまり要らないと思われます。
もともとアニメコナンは長期の予定ではなかったようで、そのために初期のころは改変が見られるのですが
長期化に伴ってしっかり尺をとってくれるようになりました。
むしろアニメ版では原作にはなかった説明セリフが追加されたり、オリジナルシーンの追加を入れて分かりやすくしてくれている場合も多いです。
本編に関わる大きな改変はこの２つのみです。
大きな改変
① 2人いる宮野明美（１３話 奇妙な人探し殺人事件）
原作では最後に灰原哀（宮野志保）のお姉さんである宮野明美が死んでしまうのですが、アニメでは「子供向けなのに内容が暗すぎる」として死なせずに終わらせました。
その後、物語を展開していくうえで宮野明美の死は必須であるので、原作との辻褄が合わなくなってしまいました。
そこで「黒の組織10億円強奪事件」というタイトルで作り直して放送し、宮野明美を殺しなおしたのです。
またジンとウオッカも登場していたのですが、これも改変され別人になっています。
② 黒服の知らん人 （5話 新幹線大爆破事件）
原作ではジンとウオッカが登場するのですが、こちらも別人に置き換えられています。
その後、黒の組織が絡む話がなく、しばらくたってからジンとウオッカの説明がいきなりなされるので強引な感じになってしまっています。
またよくある改変は、少年探偵団が原作に出てこない回に少年探偵団を出している場合が見受けられます。（1話、５話）
細かい改変は他にもチラホラあると思うのですが、本筋に関わってくるのはこれくらいです。
細かい改変も初期だけで最近はほとんどないと思います。
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